（按時間順序排列）

    1月6日，中央國家機關工委決定（國機精〔2009〕2號文件），授予國家中醫藥管理局醫政司為中央國家機關“創建文明機關 爭做人民滿意公務員”活動先進單位；授予國家中醫藥管理局國際合作司亞美多邊處處長朱海東同志、科技司中醫科技處副主任科員陳麗娜同志為中央國家機關“創建文明機關 爭做人民滿意公務員”活動先進個人，并予以通報表彰。
    1月23日，中央精神文明建設指導委員會決定，授予中國中醫科學院廣安門醫院“全國文明單位”稱號。
    3月25日，中央國家機關7部門（精神文明、綜合治理、綠化、計劃生育、愛國衛生、交通安全、環境整治）決定（國機精〔2009〕2號文件），授予中國中醫科學院廣安門醫院“中央國家機關文明單位標兵”稱號；授予國家中醫藥管理局機關服務中心、中國中醫科學院西苑醫院、望京醫院、眼科醫院“中央國家機關文明單位”稱號；授予中國中醫科學院廣安門醫院閆桐同志“中央國家機關‘平安奧運行動’先進工作者”稱號。
    4月20日，中央國家機關工會聯合會決定，表彰國家中醫藥管理局中國中醫科學院廣安門醫院先進集體，頒發中央國家機關五一勞動獎狀；表彰國家中醫藥管理局黨組成員、辦公室主任王志勇同志、國家中醫藥管理局中國中醫科學院眼科醫院名譽院長唐由之同志先進個人，頒發中央國家機關五一勞動獎章。
    6月18日，首都精神文明建設委員會決定（精建〔2009〕9號文件），授予中國中醫科學院廣安門醫院“2008年度首都文明單位標兵”稱號；授予中國中醫科學院西苑醫院、望京醫院、眼科醫院“2008年度首都文明單位”稱號。
    7月2日，中央國家機關工會聯合會決定（國機工辦〔2009〕151號文件），授予國家中醫藥管理局直屬機關工會2008年財務工作優秀獎。
    11月3日，首都精神文明建設委員會決定，國家中醫藥管理局直屬機關黨委獲“首都‘迎國慶講文明樹新風’活動先進單位”稱號；國家中醫藥管理局直屬機關團委副書記劉燦、機關工會工作人員孟繁琪同志獲“首都‘迎國慶講文明樹新風’活動先進個人”稱號。
    11月6日，中央國家機關黨工委組織部、中央國家機關團工委決定，授予國家中醫藥管理局直屬機關黨委國慶60周年群眾游行活動“突出貢獻單位”稱號；授予國家中醫藥管理局直屬機關團委國慶60周年群眾游行活動“優秀組織單位”稱號；授予國家中醫藥管理局（中國中醫科學院西苑醫院）李丁同志國慶60周年群眾游行“優秀隊員”稱號。
    11月12日，中央國家機關黨工委組織部通報，國家中醫藥管理局2008年度黨內統計報表被評為中央國家機關2008年度全優報表。
    12月4日，中央國家機關團工委決定（國團工組〔2009〕72號文件），授予國家中醫藥管理局直屬機關團委“根在基層”調研實踐活動優秀組織獎。
    12月18日，國家中醫藥管理局乒乓球代表隊獲“中國移動激情100”乒乓球賽北京賽區團體冠軍。
    12月20日，北京市公安局授予中國中醫科學院“集體三等功”，授予國家中醫藥管理局辦公室副主任蔣健、國家中醫藥管理局辦公室綜合處處長陳偉、國家中醫藥管理局社會治安綜合治理辦公室主任楊銳等3名同志“個人三等功”，授予國家中醫藥管理局機關服務中心趙麗蓉、周建民、中國中醫科學院眼科醫院張進洲、中國中醫科學院信息研究所侯陽等4名同志“個人嘉獎”。