由國務院臺灣事務辦公室等部委和福建省人民政府共同主辦，以“擴大民間交流、加強兩岸合作、促進共同發展”為主題的“第三屆海峽論壇”活動，于2011年6月10日—17日在廈門、福州、泉州、莆田等地舉辦。本屆論壇圍繞“聚焦基層，共享成果”的主議題，規劃了5大板塊，13項大活動，活動主題更突出民間。論壇期間，兩岸基層民眾代表和產業界人士共8000余名與會，共商“加強兩岸合作，促進共同發展”大計。國家中醫藥管理局副局長于文明作為主辦方之一應邀出席了11日的“海峽論壇”開幕式、“中華情海峽緣”綜藝晚會以及12日上午“海峽論壇大會”的開幕式。
    大會期間，國家中醫藥管理局及廈門市人民政府共同主辦了以“加強兩岸中醫藥交流合作，保持發揮中醫藥特色優勢”為主題的“2011海峽兩岸中醫藥發展與合作研討會”，作為“第三屆海峽論壇”的重要配套活動之一，本次研討會邀請了海峽兩岸中醫藥界知名專家、學者及企業界人士共300多名代表與會，就兩岸中醫醫院管理、中醫藥文化、教育培訓和科研產業交流等議題進行深入研討。國家中醫藥管理局副局長于文明、國務院臺灣事務辦公室交流局局長程金中、福建省政協副主席鄭蘭蓀、廈門市副市長潘世建出席開幕式并致辭。
    研討會期間，由廈門市海滄區政府主辦的“海峽兩岸中醫藥博物園”項目正式啟動。于文明出席了海峽中醫藥博物園的奠基儀式并致辭。他表示海峽兩岸中醫藥文化和保生慈濟文化同根同源，該項目以“傳承慈濟文化，促進兩岸交流”為主題，園區將建成海峽兩岸中醫藥文化展覽和交流基地、中醫藥產業及養生基地、青少年中醫藥科普教育基地以及保生大帝文化旅游基地，不僅促進了兩岸中醫藥文化的交流與探索，也為弘揚和傳承慈濟文化精神、促進兩岸交流提供了重要的平臺。
    此外，會議期間還安排對接項目簽約儀式，兩岸中醫藥科研、教育、產業方面具體合作項目的簽約，將更加有效務實地推進兩岸中醫藥的交流與合作，促進兩岸中醫藥事業的發展。