中醫藥事業發展中堅持繼承與創新，道理人所共知，但在實踐中卻時有把二者割裂或對立起來的現象發生。或片面主張繼承，或片面強調創新，困擾著中醫藥事業發展。
    《意見》明確提出，“堅持繼承與創新的辯證統一，既要保持特色優勢又要利用現代科技”。將此作為發展中醫藥事業的基本原則之了，對正確處理繼承和創新的關系，保障中醫藥事業持續健康發展至關重要。繼承是創新的源泉，創新是發展的動力。一定要在繼承中醫藥學術的科學內涵、保持中醫藥特色優勢的基礎上，充分吸收借鑒現代科學知識和方法手段，創新發展中醫藥理論與實踐。
    五千年來，中醫藥生生不息、綿延不斷，就是由于一代代中醫藥人在繼承與創新中接續著中醫藥的血脈。扁鵲、張仲景、華佗、孫思邈、李東垣、李時珍、吳又可、王清任等許多在中醫藥發展史上具有里程碑意義的人物，在他們身上都可看到前人的影子和他們自身的創新，從而保持著中醫藥迄今旺盛的生命力。
    堅持繼承與創新的辯證統一，做好繼承是前提。在近代百年現代醫學的沖擊下，中醫藥價值屢受質疑，中醫藥繼承工作受到干擾，老中醫藥專家很多學術思想和經驗得不到傳承，一些特色診療技術、方法瀕臨失傳。《意見》提出，要做好中醫藥古籍文獻、名家醫案和名老中醫的學術思想、臨床經驗和技術的整理研究，以及民間民族醫藥知識和技術的挖掘整理和總結利用。
    堅持繼承與創新的辯證統一，創新是目標和要求。時代更替，如果不加創新，必然落后于形勢變化，甚至被淘汰。事實上，隨著健康觀念的變化和醫學模式的轉變，人們發現中醫藥作為一門復雜科學，既有實踐的現實性，更具有理論的超前性和與其他學科的兼容性，有極大的創新發展潛力。針對當前中醫藥創新不足等問題，《意見》提出建立符合中醫藥特點的科技創新體系、評價體系和管理體制，開展中醫藥基礎理論、診療技術、療效評價等系統研究，推動中藥新藥和中醫診療儀器、設備的研制開發。
    堅持“純而又純”拒絕現代科技的傳統醫學，注定缺乏競爭力和生命力。脫離中醫藥特色和規律的創新，必然無果而終。改變當前中醫藥繼承不夠、創新不足的局面，尚需做大量工作。堅持繼承和創新的辯證統一，將是相當長一段時期的歷史任務。