財政部副部長王軍9日在“深化醫藥衛生體制改革”記者會上透露，2009年-2011年全國財政投向醫療衛生體制改革的資金已經達到了11342億元，遠超出此前8500億元的預計。但仍有部分委員認為，我國醫療衛生事業的總投入仍然嚴重不足，在資金的投向和效率上也需要改進。
    在投入的方向上，王軍透露，中央財政的投入主要向保基本、保基層和建機制傾斜。其中，給新農合提標、給城市居民醫保提標共計花費2300億元，占中央財政整個醫療衛生支出的50%以上；支持基層醫療衛生機構軟硬件建設，支持實施基本藥物制度、取消藥品加成上三年投入將超過1100億元，占24%；在公共衛生方面投入900億元，占比20%。
    王軍透露，醫療衛生投入占整個財政支出的比重已經從2008年的4.57%提高到2011年的5.35%；占中央財政支出的比重則從2008年2.28%提高到了2011年的3.18%。
    盡管如此，但在部分全國政協委員看來，這個數字與實際的需要仍然存在相當大的距離。
    “這三年財政投入的力度肯定不能算大，因為本來的基數比較低。我國人均所有衛生費用(包括防疫、住院等)加在一塊去年是1200元，與之相比，美國是6000美元，英國是7000英鎊。”全國政協委員、南京醫科大學教授黃峻對《經濟參考報》記者表示。
    “政府在醫療衛生事業中的總投入嚴重不足。”黃峻表示，我國2009年衛生事業總開支約1.3萬億，僅占GDP的2.3%，低于聯合國對發展中國家要求的3%。與此同時，醫療費用中個人支付的比率高達75%，政府財政支付僅占25%，這一數字不僅低于發達國家，也低于絕大多數發展中國家。顯然，看病貴與政府財政投入不足密切相關。總體上來看，衛生事業開支這一塊太薄弱，與實際上的需求相比遠遠不夠。
    全國政協委員董協良認為，農村最基礎的醫療保障系統已經形成，但是很多時候沒有把錢花到點子上。“有些基層的設備、床位都已經到位了，但是有些設備居然都沒有打開過，都生銹了。”他認為，對于基層醫院來說，人才的投入才是第一位的。應把有限的資金用于培養人才上，通過一系列人才培訓計劃把人才在一定時期內留在基層。